המשבר החמור בין קנדי לבן גוריון עקב הכור בדימונה.

העימות היה דרמטי סמוי מעיניהציבור בשתי המדינות, בשנת 1963, על כף המאוזניים היתה מונחת תכנית הגרעין, קנדי היה הנשיא המחוייב ביותר לאי הפצת נשק גרעיני.

בימים אלו פורסמו 50 מסמכים על עוצמתו של העימות, אייזנהאור העביר לנשיא הנכנס קנדי תדרוך על המדינות השואפות לפתח נשק גרעיני והן הודו וישראל.

לב"ג היתה פעילו ת עניפה בהתכתבות עם הנשיא קנדי הגרעין נועד לצרכי שלום כתב, נראה מה יקרה בעתיד במזרח התיכון, זה לא תלוי בנו.

ההערכה המודיעינית בארה"ב, כתב עוזר הנשיא רוברט קומר שישראל תנסה בשנים הקרובות לייצר נשק גרעיני, מסמך מודיעיני בכיר מעריך שהתוצאות תהיינה חמורות אם יהיה לה נשק גרעיני, ישראל תהיה יותר קשוחה כלפי שכנותיה, היא תנסה לנצל את היתרונות הפסיכולוגיים כדי להפחיד את הערבים.

נאמר בהערכה מודיעינית לאומית שישראל מתכוונת לייצר נשק גרעיני עד לשנת 1966,

ב"ג התכתב עם הנשיא קנדי, אך לא רצה להתעמת עם הנשיא לא פולי טית ולא פסיכולוגית. ההזדמנות נקרתה לו ב-17 באפריל 1963, כאשר חתמו מצרים סוריה ועיראק על הצהרת פדרציה שקראה לאיחוד צבאי לשחרור פלסטין, זה הזמן קבע ב"ג ,זה העניק לו לטעון שישראל עומדת בפני סכנה קיומית.

הוא כתב לנשיא מכתב בן 7 עמודים, סגנון הכתיבה היה חרדי, הוא רואה לנגד עיניו שואה נוספת, הוא ממשיך במכתבו, זוכר אני את הכרזתו של היטלר לחסל את העם היהודי, אז ההכרזה נתקלה בזלזול ובאדישות והתוצאה היתה שואה שאין לה תקדים בהסטוריה האנושית. הוא הזהיר שהמצב במזרח התיכון על סף פיצוץ.
כאשר קראו בכירי משרד החוץ את המכתב נחרדו מהתוכן שנראה להם מופרך והזוי.

תגובתו הצוננת של הנשיא לא הרתיע את ב"ג  בתשובתו המפורטת והרגשנית לא פחות מהקודמת והמשיך במאמציו, הוא כתב על התרשמותו מהמנהיגים הערביים בהכירו אותם מקרוב, נאצר למעשה  מאמץ את האידיאולוגיה הנאצית,אין לי ספק ממשיך ב"ג שאם נובס זה יהיה חורבן המדינה.

כאשר ראו בכירי משרד החוץ את הטיוטה של המכתב נחרדו, הם הסכימו ביניהם שהמכתב לא יישלח, גדעון רפאל התייעץ עם גולדה מאיר אמרה היא שישדל את ב"ג למחוק את ההתייחסות לשתי המילים חורבן המדינה.ב"ג לא הסכים לקבל עצות בעריכה, מיתן מעט את הכתוב אך התעקש שלא לשנות את הטון ואת אורכו של המכתב בן תשעת העמודים.

קנדי לא וויתר, והעימות הסלים, הוא כתב והתעקש על ביקורים חצי שנתיים בדימונה, אם לא נקבל מידע מהימן על המצב של הפרוייקט בדימונה ,תמיכתנו עלולה להיפגע קשות.מכתבו לא הגיע לב"ג כי ב-15 ביוני הודיע ב"ג על התפטרותו מן הממשלה, התדהמה פשטה בכל, הוא לא הסביר רק אמר אני מתפטר מסיבות אישיות.

חילופי המכתבים בין קנדי ב"ג ואשכול היו שיאו של הקרב שניהל הנשיא נגד פרוייקט אם לא יוכל לעצור את שאיפותיה של ישראל כיצד יוכל לעצור מדינות גדולות וחזקות מישראל הקטנה.

בעבור ב"ג בעשור האחרון הפרוייקט הגרעיני היה הדבר החשוב ביותר, זה נחוץ כדי ששואה נוספת לא תתרחש לעולם, לא נדע עד כמה היה נחוש קנדי בסוגיית הגרעין אלמלא היה נרצח.

[